菌种鉴定手段包括16S rDNA、26S rDNA、ITS rDNA及持家基因等分子生物学鉴定、形态学观察、VITEK全自动微生物鉴定、API生理生化鉴定、BIOLOG碳源自动分析鉴定、MALDI-TOF MS快速鉴定、全基因组测序分析等。

菌落菌体形态观察

图3-1 分离自山西老陈醋大曲中的霉菌典型菌落形态

图3-2 菌SAV186菌落形态、菌丝体形态、孢子素及孢子梗形态

图3-3 分离自山西老陈醋酿造过程中的酵母菌典型菌落及细胞形态

图3-4 分离自山西老陈醋醋醅中醋酸菌的典型菌落形态和细胞形态

图3-5 分离自山西老陈醋酿造过程中的乳酸菌的菌落形态和细胞形态

图3-6 分离自山西老陈醋酒醪和醋醅中的乳酸菌菌株的细胞形态SEM观察

图3-7 山西老陈醋源芽孢菌的典型菌落形态

DNA序列分析

图3-8 分离自山西老陈醋大曲的霉菌ITS序列系统进货树

VITEK/API鉴定系统

VITEK全自动微生物分析系统通过测定菌株碳源利用、氮源利用、产酶活性及耐药性等生化特征，实现菌株快速鉴定分析，具有自动化程度高、鉴定速度快、操作简便、生物安全性好等特点。VITEK系统鉴定测试卡片包括7个系列，根据菌种类型选择不同的鉴定卡，能够在4-15小时内完成对微生物菌种的鉴定，目前VITEK鉴定数据库中的微生物菌种超过500种。

API生理生化鉴定系统是一种以微生物传统生理生化理论为基础，将其微量化、标准化的基于细菌数值分类分析的鉴定系统。该鉴定系统可根据细菌所属类群选择适当的生理生化鉴定系列，通过软件将待测细菌的各种生化代谢反应结果进行转化分析并与相应数据库参比，从而对未知菌得出鉴定结果。API生理生化鉴定系统包含15个鉴定系列，约有1000种生化反应，目前已可鉴定超过600种的细菌。

MALDI-TOF MS鉴定

       MALDI-TOF MS（Matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry，基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱）是基于微生物核糖体等高丰度稳定表达的特征蛋白指纹图谱的快速鉴定技术。通过MALDI-TOF MS分析获得微生物菌种核糖体蛋白指纹图谱，与已知微生物菌种蛋白指纹图谱数据库比对分析后，实现微生物菌种的快速鉴定。